Gemeinsam mit Harald und Stefan Höpperger steht Thomas Höpperger an der Spitze des Familienbetriebs Höpperger, das eines der größten Entsorgungsunternehmen des Landes darstellt. Thomas Höpperger fungiert als Sprecher der Firmengruppe und ist in dem Unternehmen, das sich traditionell auf Kanal- und Tankreinigung, Müllabfuhr, Containerdienst sowie Sortierung, Kompostierung und Recycling spezialisiert hat, für Nachhaltigkeits- und Umweltfragen zuständig. So hat er beispielsweise die Modernisierung der Sortieranlage für Leicht- und Metallverpackungen in Pfaffenhofen zur Erhöhung der Recyclingkapazität vorangetrieben.
Das Traditionsunternehmen ist vorwiegend in Pfaffenhofen und Rietz tätig und beschäftigt etwa 180 MitarbeiterInnen.